張居正死后初期，神宗尚能保持對(duì)朝政的興趣，但不久就開(kāi)始怠政。萬(wàn)歷十五年（1587年）后，神宗就開(kāi)始連續(xù)不上朝。自萬(wàn)歷十六年（1588年）后，早朝也經(jīng)常看不到神宗。神宗整日在深宮中不理政事。同時(shí)，神宗還好營(yíng)建，經(jīng)常大興土木。在他廿一歲時(shí)就開(kāi)始籌建陵園。萬(wàn)歷十七年，大理寺左評(píng)事上疏，稱(chēng)神宗沉湎于酒、色、財(cái)、氣。結(jié)果被貶為民。神宗還派太監(jiān)為礦監(jiān)和稅監(jiān)搜刮民間財(cái)產(chǎn)，同時(shí)由于深受神宗信任的遼東總兵李成梁后期的腐化墮落大肆謊報(bào)軍情，騙取軍功封賞，在軍事打擊目標(biāo)上偏袒努爾哈赤所部，導(dǎo)致明朝末年邊患嚴(yán)重，并最終導(dǎo)致滿(mǎn)清入主中國(guó)。由于神宗不理朝政，缺官現(xiàn)象非常嚴(yán)重。萬(wàn)歷三十年（1602年），南北兩京共缺尚書(shū)三名，侍郎十名；各地缺巡撫三名，布政使、按察使等六十六名，知府廿五名。神宗委頓于上，百官黨爭(zhēng)于下，明廷完全陷入空轉(zhuǎn)之中。官僚隊(duì)伍中黨派林立，互相傾軋，如東林黨、宣黨、昆黨、齊黨、浙黨等名目眾多，但其所議議題卻不是如何改良朝政，只是人事布局而已。因此明史言：“論者謂：明之亡，實(shí)亡于神宗。”

　　神宗在位期間另外兩項(xiàng)嚴(yán)重?cái)某V的事件是東林黨爭(zhēng)和國(guó)本之爭(zhēng)。起東林黨源于顧憲成組辦的東林書(shū)院。東林黨一詞則源于萬(wàn)歷卅八年（1610年）的一次人事變動(dòng)事件。起因是內(nèi)閣缺人，顧憲成極力主張頗有政績(jī)的淮揚(yáng)巡撫李三才入閣，結(jié)果被反對(duì)李三才入閣的勢(shì)力抹黑漫罵，東林黨因此而起。東林黨興起后，朝中其它各黨便集中火力攻擊東林黨。閹黨專(zhuān)權(quán)后，東林黨更受到嚴(yán)重打擊。直到崇禎初年?yáng)|林黨才重新被啟用。

　　另外一項(xiàng)政爭(zhēng)是國(guó)本之爭(zhēng)。主要是圍繞著皇長(zhǎng)子朱常洛與福王朱常洵（鄭貴妃所生）。神宗遲遲不立太子，令群臣憂(yōu)心如焚。朝中上下也因此分成兩個(gè)派別。直到萬(wàn)歷廿九年（1601年），朱常洛才被封為太子，朱常洵被封為福王。但是福王遲遲不離京就任藩王。直到梃擊案發(fā)生，輿論對(duì)鄭貴妃不利后，福王才離京就藩。

　　在軍事方面，以萬(wàn)歷三大征最為功勛卓著，但損兵折將極大。萬(wàn)歷四十六年（1617年），后金努爾哈赤以“七大恨”反明，兩年后（1619年）在薩爾滸之戰(zhàn)中大敗明軍，明朝對(duì)后金從此轉(zhuǎn)為戰(zhàn)略防御。

　　萬(wàn)歷四十八年，明神宗去世。其長(zhǎng)子朱常洛登基是為明光宗，光宗僅在位一個(gè)月，八月二十九日，又因服用李可灼的紅丸，九月一日五更時(shí)猝死，時(shí)年39歲。

　　明熹宗在位期間，政治更加腐敗黑暗。明熹宗早期大量啟用東林黨人，結(jié)果導(dǎo)致東林黨與其它黨斗爭(zhēng)不斷，明熹宗因此對(duì)朝政失去耐心，魏忠賢借此機(jī)會(huì)干預(yù)政治，將齊楚浙黨的勢(shì)力集結(jié)，號(hào)為閹黨。1624年閹黨控制內(nèi)閣，魏忠賢更加張狂，其爪牙遍布中央與地方。魏忠賢并大肆打擊東林黨，借“梃擊案、紅丸案、移宮案”為由，唆使其黨羽偽造《東林黨點(diǎn)將錄》上報(bào)朝廷，1625年明熹宗下詔，燒毀全國(guó)書(shū)院。大量東林黨人入獄，甚至處死。由于閹黨水平低下，政理不修。國(guó)家內(nèi)部饑荒頻傳，民變不斷，外患持續(xù)，明朝已經(jīng)陷入風(fēng)雨飄搖之境地。1626年北京西南隅的工部王恭廠火藥庫(kù)發(fā)生王恭廠大爆炸，造成2萬(wàn)多人死傷。當(dāng)時(shí)東北方的后金逐步占領(lǐng)遼東地區(qū)。1626年，努爾哈赤率軍攻打?qū)庍h(yuǎn)，明軍在袁崇煥的指揮下憑借堅(jiān)城固守抗敵，最終擊敗后金軍，并擊傷努爾哈赤，史稱(chēng)“寧遠(yuǎn)大捷”。 不久后，努爾哈赤死去，其子皇太極即位。

　　1627年明熹宗不慎落水病重，不久因霍維華之藥而去世，其五弟信王朱由檢繼位，即明思宗，年號(hào)崇禎。明思宗即位后，銳意鏟除魏忠賢的勢(shì)力以改革朝政。他下令停建生祠，逼奉圣夫人客氏移居宮外，最后押到浣衣局處死。下令魏忠賢去鳳陽(yáng)守陵，魏忠賢于途中與黨羽李朝欽一起自縊，明思宗將其首級(jí)懸于河間老家，閹黨其它分子也被貶黜或處死。然而黨爭(zhēng)內(nèi)斗激烈，明思宗不信任百官，他剛愎自用，加強(qiáng)集權(quán)。

　　1629年（崇禎二年）皇太極改采繞道長(zhǎng)城以入侵北京，袁崇煥緊急回軍與皇太極對(duì)峙于北京廣渠門(mén)。經(jīng)六部九卿會(huì)審，最后殺袁崇煥，史稱(chēng)己巳之變。其后皇太極多番遠(yuǎn)征蒙古，終于在六年后（崇禎八年）徹底擊敗林丹汗，次年在盛京稱(chēng)帝，改國(guó)號(hào)為大清，并且五次經(jīng)長(zhǎng)城入侵明朝直隸、山東等地區(qū)，史稱(chēng)清兵入塞。當(dāng)時(shí)直隸連年災(zāi)荒疫疾，民不聊生。遼西局勢(shì)亦日益惡化，清軍多次與明軍作戰(zhàn)，最后于1640年占領(lǐng)錦州等地，明軍主力洪承疇等人投降，明朝勢(shì)力退縮至山海關(guān)。

　　明朝中期之后時(shí)常發(fā)生農(nóng)民起事，崇禎時(shí)期本身朝政混亂與官員貪污昏庸；與后金的戰(zhàn)爭(zhēng)帶來(lái)大量遼餉的需求以及清兵的掠奪；以及因?yàn)樾”跉夂蜃兝?，農(nóng)業(yè)減產(chǎn)帶來(lái)全國(guó)性饑荒，這些都加重明朝百姓的負(fù)擔(dān)。1627年，陜西澄城饑民暴動(dòng)，拉開(kāi)明末民變的序幕，隨后王自用、高迎祥、李自成、張獻(xiàn)忠等農(nóng)民起事，最后發(fā)展成雄踞陜西、河南的李自成與先后占領(lǐng)湖廣、四川的張獻(xiàn)忠（最后成立大西政權(quán)）。1644年李自成建國(guó)大順，三月，李自成率軍北伐攻陷大同、宣府、居庸關(guān)，最后攻克北京。明思宗在煤山自縊，明朝作為統(tǒng)一國(guó)家結(jié)束。

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